Po całkowitym ukończeniu robót wykończeniowych i wystroju wnętrza kościoła pw. Matki Bożej Ostrobramskiej oraz po uporządkowaniu terenu budowy, po zakończeniu procedury komisyjnego odbioru budynku kościoła i uzyskaniu dopuszczenia do eksploatacji przez władze budowlano-architektoniczne można było się ubiegać o konsekrację nowego kościoła. 

Generalny Dziekan WP ks. płk Julian Humeński pismem z 13 sierpnia 1973 roku powiadomił wszystkich kapelanów, iż 10 września 1973 roku nastąpi uroczysta konsekracja nowo wybudowanego kościoła garnizonowego w Warszawie-Bemowie, której dokona Jego Eminencja Ksiądz Prymas dr Stefan Kardynał Wyszyński.

      Niezwykłym przeżyciem w życiu katolickiej wspólnoty była ta konsekracja kościoła pw. Matki Bożej Ostrobramskiej na ówczesnym Bemowie (dziś Boernerowo). Dokonał jej osobiście Stefan św. Rzymskiego Kościoła Kardynał Wyszyński, ze Zmiłowania Bożego i z Łaski Stolicy Apostolskiej Arcybiskup Gnieźnieński i Warszawski, Metropolita, Legat Urodzony, Prymas Polski. Prymasowi Polski towarzyszyli liczni duchowni archidiecezji warszawskiej, m.in. ks. Teofil Bogucki, proboszcz parafii św. Stanisława Kostki z Żoliborza oraz kapelani Wojska Polskiego. Dostojnego Gościa serdecznie powitał w imieniu wszystkich licznie przybyłych wiernych Henryk Raczyński, który w brawurowy sposób uciekł Niemcom po łapance na Boernerowie podczas Powstania Warszawskiego. Księdza Prymasa powitały też dzieci i przedstawiciele młodzieży. Honory gospodarza pełnił ks. płk Julian Humeński, Generalny Dziekan WP. 

Konsekracja przebiegała zgodnie z przewidzianym liturgicznym ceremoniałem obowiązującym w latach 1961–1977. Po modlitwie na progu kościoła, gdy skończył się obrzęd wejścia, Konsekrator wezwał wszystkich do modlitwy słowami: Drodzy bracia i siostry, poświęcając uroczyście tę świątynię, pokornie prośmy naszego Pana i Boga, aby pobłogosławił tę wodę, którą będziemy pokropieni na znak pokuty i na pamiątkę naszego chrztu oraz którą poświęcimy ściany i ołtarz nowego kościoła. Niech sam Pan wspomaga nas swoją łaską, abyśmy posłuszni natchnieniu Ducha Świętego, którego otrzymaliśmy, trwali wiernie w Jego Kościele. Teraz dopiero poświęcił wodę przeznaczoną do pokropienia ludu na pamiątkę chrztu i do poświęcenia nowego kościoła.

Najpierw zostały poświęcone mury zewnętrzne kościoła. Do święcenia Prymas używał kropidła wykonanego z ziół polnych. Poprzez pokropienie ścian budynku wodą święconą Konsekrator obejmował go w posiadanie, by następnie odbyć procesję do wnętrza świątyni. Potem orszak towarzyszący Konsekratorowi ze śpiewem prastarej litanii do Wszystkich Świętych, litanii używanej w liturgii już podczas pierwszych wieków Kościoła, powrócił do świątyni. Kolejnym elementami celebracji konsekracyjnej było poświęcenie posadzki kościoła, tuż przed balustradą oddzielającą prezbiterium od nawy głównej, blisko wejścia do zakrystii. Kiedyś Konsekrator wypisywał na rozsypanym na podłodze popiele litery alfabetu greckiego. W naszych czasach litery te wyrysowano na rolce kartonu, a Konsekrator końcem pastorału pisał je na rozsypanym na podłodze piasku. W tym czasie chór i wierni śpiewali hymn do Ducha Świętego – Veni Creator.

Po zdjęciu kapy z ramion Prymasa Polski odbyło się poświęcenie wewnętrznych murów kościoła i namaszczenie Świętym Krzyżmem 12 zacheuszek przymocowanych do ścian. Zacheuszki zwane były też „krzyżami apostolskimi” lub „świecznikami apostolskimi”. Symbolizują dwunastu Apostołów. Zapala się je w kolejne rocznice konsekracji kościoła. Po modlitwach o Boże błogosławieństwo dla wszystkich, którzy będą się modlić w tej świątyni, Prymas Polski poświęcił tabernakulum i ołtarz, namaszczając go Świętym Krzyżmem w czterech narożnikach. Po okadzeniu ołtarza i modlitwach Konsekrator odmówił prefację, w której błagał o wspomożenie Ducha Świętego następującymi słowami: Bóg, Ojciec miłosierdzia, niech będzie zawsze obecny w tym domu modlitwy, a łaska Ducha Świętego niech oczyści żywą świątynię, którą my jesteśmy. Amen. Obmył ręce i złożył podpis na Akcie Konsekracji Kościoła. Dopiero teraz mógł założyć pontyfikalne szaty liturgiczne.

Podczas tych czynności ołtarz przykryto obrusem, udekorowano kwiatami, poustawiano na nim potrzebne do liturgii Mszy św. utensylia, ustawiono na ołtarzu świece, ale ich nie zapalono i wyłączono część oświetlenia kościoła. 

Po przygotowaniu ołtarza ministrant podał zapalony stoczek, którym Prymas Polski zapalił świece przygotowane do sprawowania Eucharystii, mówiąc: Niech w Kościele jaśnieje światło Chrystusa, aby wszystkie ludy osiągnęły poznanie prawdy. Po tych słowach: na znak radości nastąpiła radosna iluminacja, gdyż zapalono wszystkie świece i lampy kościoła. 

 Punktem kulminacyjnym konsekracji nowego kościoła była Eucharystia Święta. Przewodniczył jej Stefan Kardynał Wyszyński. Koncelebrę stanowili m.in. ks. płk Julian Humeński, ks. płk Jan Mrugacz, ks. Teofil Bogucki, ks. kpt. Remigiusz Zimak, budowniczy kościoła. Homilię wygłosił Prymas Polski. 

Na początku homilii z zadowoleniem stwierdził: Radość nasza wspólna została dzisiaj dopełniona w tym akcie konsekracji świątyni. Świątyni wybudowanej staraniem kapelanów wojskowych ze szczególną troską i zapobiegliwością Księdza Dziekana Generalnego Wojsk Polskich, wybudowanej na koszt władz państwowych. 

    Przypomniał wiernym swoje związki z Boernerowem i z poprzednią drewnianą kaplicę, którą nazwał „barakiem”, a do której z Lasek przychodził podczas Powstania Warszawskiego.

Uroczystość konsekracji kościoła dokonana przez najwyższego dostojnika polskiego Kościoła oraz Msza św. celebrowana przez Prymasa Polski mocno utrwaliły się w sercu i w pamięci wiernych. Zwłaszcza homilia, w której Prymas Tysiąclecia nawiązał do osobistych wspomnień i związków z naszą wspólnotą i z naszą kaplicą.